Bažnyčia buvo du kartus sunaikinta gaisrų: 1656 metais, kai Jurbarko valsčių sudegino švedų ir prūsų kariuomenė, ir 1737 metais, kai į Jurbarką įsiveržė rusų kariuomenė. Kilmingi ir garbūs Jurbarko bažnyčios klebonai buvo Kasparas Giedraitis ir Vincentas Giedraitis. Dvidešimt šešerius metus klebonu išdirbęs Mykolas Kervelis nuolat rūpinosi parapijos gerove ir švietimu. Jis valstiečių vaikams, kurie moka skaityti, buvo nurodęs mokyti nemokančius. Toks jo požiūris į švietimą davė laukiamus rezultatus – tuo metu retas kuris parapijoje gyvenantis žmogus nemokėjo skaityti. Jurbarko bažnyčiai tada priklausė 20 valakų derlingos žemės.

Klebonas Mykolas Kervelis daug nuveikė ir propaguodamas blaivybę. Jis įkūrė blaivybės draugiją ir 1858 metais, per Žolinės atlaidus, kreipėsi į savo parapijiečius, ragindamas išsižadėti gerti degtinę. Jo blaivybės akciją parėmė Gaurės ir Skirsnemunės klebonai. Tai – blaivybės sąjūdžio, kurio vadovas buvo vyskupas Motiejus Valančius, pradžia. Kunigo Mykolo Kervelio palaikai ilsisi Jurbarko kapinėse. Greta – jo giminaičio kunigo Leono Kervelio amžino poilsio vieta. 1873 metais dirbti į Jurbarką paskirtas kunigas Kazimieras Marcinkevičius (1842-1915). Jis paliko ryškų pėdsaką parapijos gyvenime. A. Giedraičio-Giedriaus knygoje „Mūsų Jurbarkas“ rašoma: „Spaudos draudimo metais per jį eidavusi ir slaptoji spauda, gauta iš Sudargo klebono“.

Iškili asmenybė buvo ir Jurbarko bažnyčioje dirbęs vikaras Matas Miežinis (1851-1929). Jis daug nuveikė rūpindamasis lietuvybės stiprinimu, finansavo savo dėdės kunigo Mykolo Miežinio knygos ,,Lietuviškai-latviškai-rusiškas žodynas“ išleidimą. 1895 metais į pirmąją savo paskyrimo vietą Jurbarką atvyko ką tik kunigu įšventintas Antanas Kiznis, iškalbus pamokslininkas, sumanus bažnyčios reikalų tvarkytojas, rusų mokykloje besimokantiems katalikų vaikams dėstęs tikybą. Jurbarko bažnyčios vikaru jis išdirbo 11 metų. Labiausiai klebonas K. Marcinkevičius ir vikaras A. Kiznis rūpinosi naujos Jurbarko bažnyčios statyba. Mūrinė gotikinio stiliaus Švenčiausios Trejybės bažnyčia, kuri tebestovi iki šiol, pastatyta 1901-1907 metais. Į vieną jos bokštą įkeltas Amerikos lietuvių padovanotas varpas. 1907 m. spalio 14/22 d. naująją bažnyčią pašventino vyskupas Mečislovas Paliulionis

1918 m. klebono Pranciškaus Stakausko rūpesčiu Jurbarke įsteigta ,,Saulės“ progimnazija. Šis klebonas buvo ir pirmasis savanorių būrio organizatorius Jurbarke. Klebonas Juozas Bikinas (1875-1956) buvo Lietuvos Seimo narys, garsus visuomenininkas, spaudos bendradarbis. Jis redagavo „Vienybę“, dienraštį „,Laisvė“, bendradarbiavo įvairiuose katalikų ir tautininkų krypties leidiniuose. Už nuopelnus Katalikų bažnyčiai ir lietuvių tautai jam suteiktas kanauninko titulas. Mirė Juozas Bikinas Jurbarke, palaidotas bažnyčios šventoriuje.

Filosofijos, sociologijos, teologijos daktaras kunigas Valdemaras Cukuras (1915-1997) Jurbarko gimnazijoje dėstė lotynų ir vokiečių kalbas, tikybą, buvo aktyvus spaudos bendradarbis. Pasitraukęs į Vakarus, Tiuringijos kraštuose įkūrė lietuvių, bendruomenę. Jis buvo JAV Katalikų filosofijos draugijos narys, ne kartą skaitė pranešimus Lietuvių Katalikų Mokslo Akademijos suvažiavimuose. Jurbarko katalikų parapijos bažnyčioje dirbo ir daugiau rūpestingų sielos ganytojų, - klebonų, ir vikarų. Jie rūpinosi parapijiečių dvasiniais reikalais, tvarkė, remontavo bažnyčią, buvo parapijos tikinčiųjų globėjai ir užtarėjai, aktyviai dalyvavo visuomeninėje, kultūrinėje veikloje.

1940 m. liepos 7 d. gaisras sunaikino pietinę miesto dalį. Ugnis neaplenkė ir bažnyčios – išdegė jos vidus, buvo sunaikinti mediniai karkasai, nugriuvo stogas, bokštai. Pirmuosius bažnyčios atstatymo darbus organizavo klebonas Anatolijus Stanevičius. Darbo ėmėsi sudarytas bažnyčios atstatymo komitetas. Praėjus metams, buvo uždengtas bažnyčios stogas, suremontuotas ir išdekoruotas bažnyčios vidus, sudėtos grindys, atstatyti altoriai, klausyklos, sakykla, bažnyčią papuošė dailininko Prano Mikutaičio paveikslai „Paskutinė vakarienė“, „Šv. Pranciškus“, „Šv. Teresė“, „Šv. Agota“ ir kiti, skulptoriaus Vinco Grybo sukurti darbai: Didžiajame altoriuje pastatytos Šventųjų apaštalų Petro ir Povilo skulptūrų atliejos, kairėje bažnyčios pusėje – kryžius su Nukryžiuotuoju. Medžio drožėjas Pranciškus Puišys bažnyčiai padovanojo tautiškais motyvais išdrožinėtus kryželius ir pulpitus. Dailininkas Jurgis Virbickas medinėmis skulptūrėlėmis pagražino altorius ir sakyklą, nutapė paveikslus „Šv. Kazimieras“, „Kristus dalija Komuniją“, padarė „Betliejų“.

968 metais pradėjęs klebonu dirbti Mykolas Buožius užbaigė sutvarkyti bažnyčios vidų ir aplinką. Jo rūpesčiu aplink bažnyčią pastatyta gražiai į bendrą ansamblį įsikomponavusi mūro siena. Tuo laiku pastatytos bažnyčios buitinės patalpos, parengtas projektas bažnyčios bokštų atstatymui.

Neilgas, bet ryškus kunigo Zigmanto Grinevičiaus (1938-1993) gyvenimo šioje žemėje kelias. Jis domėjosi literatūra, turėjo sukaupęs didelę asmeninę biblioteką, kolekcionavo liaudies meno kūrinius. Kunigas buvo surinkęs vertingą medžiagą apie išnykusį Kuturių kaimą ir jo gyventojus. Jis Jurbarko krašto istorijos muziejui padovanojo medžio drožėjo P. Puišio darbų kolekciją. Kunigas aktyviai dalyvavo Sąjūdžio veikloje, rūpinosi pagalba vargstantiems, padėjo įsteigti Samariečių draugiją ir buvo pirmasis jos vicepirmininkas. Daug gražių jo sumanymų liko neįgyvendinta – kunigas mirė 1993 m. rugpjūčio 6 d., būdamas 55 metų amžiaus.

1992-ieji – Jurbarko parapijos dvasinio atgimimo metai. Klebonas Antanas Slavinskas ir vikaras Robertas Gedvydas Skrinskas, padedant parapijiečiams ir užsienyje gyvenantiems kraštiečiams, atstatė Jurbarko Švč. Trejybės bažnyčios bokštus. 1993 m. birželio 13 d. per Šv. Antano atlaidus bažnyčios bokštus pašventino vyskupas Vladislovas Michelevičius.

Ryškų pėdsaką Jurbarko gyvenime paliko ir vikaras R. G. Skrinskas. Jis vienas iš pirmųjų kunigų Lietuvoje drąsiai ir ryžtingai pradėjo atvirą veiklą už gyvybės išsaugojimą. Jurbarko kapinėse jo rūpesčiu pastatytas pirmasis kryžius Lietuvoje „Negimusiems kūdikiams atminti“. Vikaras nuolat rūpinosi katalikiškos literatūros platinimu ir skaitymu, įkūrė pirmąją Jurbarko katalikų parapijos biblioteką, buvo populiarus jaunimo tarpe.

Klebonas Antanas Milašius rūpinosi bažnyčių istorijų rašymu. Parašytos Jurbarko, Girdžių, Vertimų ir Skirsnemunės parapijų istorijos. Jos išspausdintos knygoje „Jurbarkas. Istorijos puslapiai“.

Nuo 1994 m. iki 2003 m. parapijos klebonu dirbo kunigas Kazimieras Gražulis. Jis daug dėmesio skyrė nesibaigiantiems bažnyčios ir kitų parapijai priklausančių pastatų remonto darbams: skarda buvo uždengtas 2500 kv. m. bažnyčios stogas, atnaujintas išorinių bažnyčios sienų mūras, pastatytas naujas ūkinis pastatas.

Kun.K.Gražulis rūpinosi, kad į parapijos katalikų gyvenimą kuo aktyviau įsijungtų jaunimas. Nuo 1996 metų kasmet klebonijoje organizuojami renginiai, stovyklos vaikams ir jaunimui. Jaunuolių grupės vyko į piligrimines keliones, dalyvavo Lietuvos ir pasaulinėse Jaunimo dienose, Taize vasaros susitikimuose Prancūzijoje ir naujametiniuose Europos jaunimo susitikimuose. 1998 m. rudenį įkurtas Jaunimo centras. Klebono iniciatyva sekmadieniais per Votyvos Šv.Mišias giedantis jaunimo choras pasipuošė baltomis albomis.

JAV gyvenanti jurbarkiete Julija Petrauskaitė-Oreska skyrė pinigų naujam Jurbarko bažnyčios varpui, kuris buvo nuliedintas Lenkijoje. 1997 m. rugpjūčio 17 d. per Šv. Roko atlaidus varpą pašventino tuometinis VDU Teologijos fakulteto dekanas kunigas Steponas Vaičiūnas OFS. Bokšte šis varpas pirmą kartą suskambėjo 1998 m. Šventų Velykų rytą.

2003 m. pavasarį klebonu pradėjo dirbti kunigas Kęstutis Grabauskas. Klebonas toliau rūpinasi bažnyčios ir parapijos namų remonto darbais: atnaujinta parapijos salė, suremontuotos Šeimos ir Jaunimo centro patalpos, pakeistos grindys bažnyčioje. Daug dėmesio klebonas skiria parapijos tikinčiųjų bendruomenės kūrimui. 2004 metais vyko ALFA kursai, po kurių susikūrė Šv.Rašto skaitymo grupė. 2005 m. pradėta 6 pakopų 2,5 metų trukmės parapijos atnaujinimo programa ATGAIVINK, sekmadieniais po Šv. Mišių parapijiečiai kviečiami į susitikimus parapijos salėje. Klebonui padeda parapijos taryba, Jaunimo, Šeimos centrų, Caritas nariai, katechetai.

Kiti Jurbarko parapijoje dirbę kunigai

Klebonas Kazimieras Marcinkevičius (1842–1915), vikaras Matas Miežinis, kun. Antanas Kiznis, kun. Martynas Jonaitis, klebonas Pranciškus Stakauskas (1884–1919), kun. Leonardas Gižinskas, kun. Juozas Jovarauskas, kun. Dovydas Jurkaitis, klebonas Albinas Alseika, vikaras Juozas Stakauskas, klebonas Jonas Juozapavičius (1886–1924), kun. Povilas Šidlauskas, klebonas Juozas Bikinas (1875–1956), kun. Alfonsas Grodeckas, kun. Julius Korsakas, kun. Bronislovas Dagilis, kun. Pranas Bikinas, kun. Vincentas Grušas, klebonas Anatolijus, Stanevičius (g. 1902 m.), kun. Eugenijus Sabaliauskas, kun. Valdemaras Cukuras, kun. Edvardas Petrelevičius, kun. Henrikas Klova, kun. Antanas Grigaitis, klebonas Albertas Perminas (1914–1983), kun. Vitoldas Tėvelis, klebonas Vaclovas Tamoševičius (1912–1991), kun. Vincentas Byla (1901–1977), klebonas Jonas Povilaitis, klebonas Mykolas Buožius (1911–1991), kun.Algirdas Mocius, kun. Zigmas Grinevičius (1938–1993), kun. Jonas Bagdonas, kun. Rimas Mačiulskas, klebonas Antanas Slavinskas (1924–1993), kun. Robertas Gedvydas Skrinskas, klebonas Antanas Milašius, dekanas klebonas Kazimieras Gražulis, kun.Mindaugas Pukštys, kun. Virgilijus Rutkūnas, kun. Alvydas Čiūras, kun. Laurynas Grikietis, klebonas dekanas mons. Kęstutis Grabauskas, kun. Boleslovas Vaira (1934–2020), kun. Jonas Bujokas, kun. br. Antanas Grabnickas OFM.